审判实践中，法院对于当事人提出的工程质量异议应当进行审查，并根据不同情况做出认定和处理：

(1)工程未竣工验收，发包方擅自接收、使用后，又以工程存在各种质量问题提出质量异议或作为不予支付工程款的抗辩理由。

根据司法解释第十三条的规定，在发包人未经组织验收、即擅自接收、先行使用未经竣工验收建筑工程的，可以认定发包人已放弃了质量抗辩，并以其使用行为表明工程质量符合合同约定，在此情况下，承包方只在合理期限内对工程结构、基础工程的质量问题承担责任，其他质量问题则由发包人自己负责。故在排除了当事人有特殊约定的情况下，承包人在合理期限内，只对基础工程和主体结构的质量问题承担责任。

(2)工程未组织验收，发包人也未提前使用的，在承包人请求支付工程款时，发包人提出工程质量异议。其此时的质量异议属于正常的抗辩，法院对此必须审理。由于工程质量是否符合约定或法定，属于专业认定的范围，在此情况下，法院应当要求主张一方申请鉴定。如发包人虽提出异议但拒绝质量鉴定的，法院应尽释明的义务，如经释明发包人仍拒绝提出申请的，可以发包人放弃质量抗辩为由支持承包人要求付款的诉讼请求或驳回发包人的诉讼请求。

对于司法解释第十三条的“合理期限”，可按建设部颁布的《建设工程质量管理条例》第四十条对最低保修期限的规定进行认定。如：在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限;墙面防水工程、有关防水要求的卫生间、房屋和外墙壁面的防渗漏，为5年;供热与供冷系统，为2个月采暖期、供冷期;电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。其他项目的保修期由发包方与承包方约定。应当注意的是，建设工程的保修期，自工程验收合格之日起计算。